統計

偏相関係数をPingouinパッケージを利用して計算してみた

第3の変数の影響をなくした状態で、2変数間がどのように相関するか表す指標のことを、偏相関係数という。

今回は、Pingouinパッケージのpcorr関数を利用して、偏相関係数を算出してみたので、そのサンプルプログラムを共有する。

なお、偏相関係数については、以下のサイトを参照のこと。
https://best-biostatistics.com/correlation_regression/hen-soukan.html

前提条件

下記記事のAnacondaをインストールしJupyter Notebookを利用できること

Python開発用のAnacondaをインストールしJupyter Notebookを利用してみた今回は、Pythonを勉強してみたいと思い、Python開発環境を構築してみたので、その手順を共有する。 Python開発用として...

pingouinパッケージのインストール

Pythonで偏相関係数を計算するライブラリを利用するには、Anacondaでpingouinパッケージを使えるようにする必要がある。その手順は、以下の通り。

1) Windowsのスタートメニューから「Anaconda Prompt」を選択する。
pingouinパッケージのインストール_1

2) 以下のように、「conda list -f pingouin」コマンドを実行し、Anacondaにpingouinパッケージが含まれていないことを確認する。
pingouinパッケージのインストール_2

3)「pip install pingouin」コマンドを実行し、pingouinパッケージをインストールする。
pingouinパッケージのインストール_3

4)「conda list -f pingouin」コマンドを再度実行し、Anacondaにpingouinパッケージがインストールされたことを確認する。
pingouinパッケージのインストール_4



「DesignEvo」は多くのテンプレートからロゴを簡単に作成できるツールだった多くのテンプレートが用意されていてロゴを簡単に作成できるツールの一つに、「DesignEvo」があります。今回は、「DesignEvo」...

偏相関係数の計算

入力データ\((x_1, y_1, z_1), (x_2, y_2, z_2), \ldots, (x_n, y_n, z_n)\)において、\(x\)と\(y\)の相関係数を\(r_{xy}\)、\(y\)と\(z\)の相関係数を\(r_{yz}\)、\(z\)と\(x\)の相関係数を\(r_{zx}\)とすると、\(z\)の影響を除いた\(x\)と\(y\)の偏相関係数\(r_{xy・z}\)は、\(r_{xy・z}=\displaystyle \frac{r_{xy}-r_{yz}r_{zx}}{\sqrt{1 – {r_{yz}}^2}\sqrt{1 – {r_{zx}}^2}}\)と定義される。

入力データ\(x\),\(y\),\(z\)の値(全\(20\)個)を読み込み、偏相関係数を計算すると、以下のようになる。

偏相関係数の計算

要点まとめ

  • 第3の変数の影響をなくした状態で2変数間がどのように相関するか表す指標のことを、偏相関係数という。
  • 偏相関係数は、Pingouinパッケージのpcorr関数を利用して計算できる。